當非晶合金變壓器的輸出功率P2等于輸入功率P1時，效率η等于100%，非晶合金變壓器將不產生任何損耗.但實際上這種非晶合金變壓器是沒有的.非晶合金變壓器傳輸電能時總要產生損耗，這種損耗主要有銅損和鐵損.
     銅損是指非晶合金變壓器線圈電阻所引起的損耗.當電流通過線圈電阻發熱時，一部分電能就轉變為熱能而損耗.由于線圈一般都由帶絕緣的銅線纏繞而成，因此稱為銅損.
     非晶合金變壓器的鐵損包括兩個方面.一是磁滯損耗，當交流電流通過非晶合金變壓器時，通過非晶合金變壓器硅鋼片的磁力線其方向和大小隨之變化，使得硅鋼片內部分子相互摩擦，放出熱能，從而損耗了一部分電能，這便是磁滯損耗.另一是渦流損耗，當非晶合金變壓器工作時.鐵芯中有磁力線穿過，在與磁力線垂直的平面上就會產生感應電流，由于此電流自成閉合回路形成環流，且成旋渦狀，故稱為渦流.渦流的存在使鐵芯發熱，消耗能量，這種損耗稱為渦流損耗.
     非晶合金變壓器的效率與非晶合金變壓器的功率等級有密切關系，通常功率越大，損耗與輸出功率就越小，效率也就越高.反之，功率越小，效率也就越低.